معاونت آموزشی حوزه علمیه خواهران، مسؤلیت انجام تمامی امور پذیرشی و آموزشی واحدهای علمی – تربیتی را به عهده دارد.  انجام امور پذیرشی مانند تعیین ظرفیت پذیرش وانجام فرآیندهای آن، تشکیل ستاد پذیرش و اطلاع رسانی مناسب به داوطلبان ، اعلام نتایج به داوطلبان و ثبت نام نهایی از وظایف معاونت آموزشی است. همچنین معاونت آموزشی وظیفه دارد امور آموزشی از جمله تنظیم برنامه درسی در هر نیمسال، نظارت بر انتخاب واحد درسی طلاب ، انجام امور مربوط به حضور و غیاب طلاب، انجام امور مربوط به برگزاری امتحانات، رسیدگی به درخواست های طلاب مانند: مرخصی، انتقال، تغییر شیوه تحصیل، صدور گواهی و…، تامین اساتید هر نیمسال، انعقاد قرارداد و پیگیری پرداخت حق التدریس آنها؛ اجرای بخشنامه ها، آیین نامه ها و ضوابط آموزشی، انجام امور فارغ التحصیلی طلاب، پیگیری امور خاص آموزشی از طریق شورای آموزش مدرسه، رسیدگی به شکایات و تخلفات آموزشی را انجام دهد.