تحصیلات تکمیلی خواهران طلبه که به لطف حضرت حق – جل و علا – و عنایات حضرت ولی عصر (عج) در مقطع سطح سه با اهداف:
الف: تقویت مبانی اعتقادی و ایجاد زمینه تعالی اخلاقی و معنوی طلاب ؛
ب ایجاد توان تتبع و تحقیق در زمینه علوم دراسلامی و انسانی؛
ج ایجاد توان تدریس در دورة قبل (سطح (۲) و مقطع کارشناسی دانشگاهها؛
د: تقویت توان تبلیغ و تأليف زمینه احکام و معارف اسلامی؛
ه: آماده سازی استعدادهای برتر به منظور ورود به مقطع بالاتر و تقویت توان بهره گیری از منابع اسلامی و انسانی؛
ز: تعمیق آموخته های علوم اسلامی به صورت تخصصی در گرایش مربوط
مورد تصویب شورای عالی علوم حوزه های علمیه قرار گرفت، ابتدا با تأسیس سه مدرسه علمیه در مراکز استانهای تهران کرمان و قم و در دو رشته «تفسیر و قرآن» و « فقه و اصول» در سال ۱۳۸۵ کار خود را آغاز کرد و اکنون با حمایت همه جانبه شورای عالی حوزه های علمیه ، و اهتمام مسؤولان مرکز و مؤسسان و مدیران محترم مدارس در بیش از سی مدرسه در رشته های مختلف گسترش پیدا کرده است و امید است با شور و نشاط روز افزونی که در خواهران علاقمند به تحصیل در رشته های علوم اسلامی مشاهده می شود، متناسب با نیازهای جامعه بانوان جهان اسلام هر سال شاهد گسترش و رشد کمی و کیفی این مدارس در سراسر کشور باشیم.
معاونت آموزش مرکز در راستای سامان بخشی امور آموزشی و تدبیر امور تحصیلی طلاب عزیز پس از دریافت بازخوردهای لازم از برنامه های آموزشی مدارس و با استفاده از نظرات مدیران محترم مدارس و نیز کارشناسان خبره مسائل آموزشی، پیش نویس آیین نامه آموزشی سطح سه را تهیه و برای بررسی و تصویب به شورای محترم برنامه ریزی آموزشی تربیتی مرکز ارائه نمود و آن شورا نیز با تشکیل جلسات متعدد و بحث و بررسی عالمانه آیین نامه آموزشی سطح سه خواهران به تصویب رسانید که با تأیید مدیریت محترم مرکز لازم الاجرا می باشد.
دروس سطح سه به صورت های حضوری، غیر حضوری و نیمه حضوری برگذار می شوند